Am 31. Mai 1925 wurde das Kreisheimatmuseum in der Wewelsburg eröffnet. Der Entschluss zu einem Heimatmuseum war bereits 1923 auf die Initiative des damaligen Landrats Dr. Aloys Vogels zurückgegangen. Das Schloss wurde zu einem Kulturzentrum, bestehend aus Jugendherberge, Tagungsort und Heimatmuseum, ausgebaut. Die ersten erfolgreichen Jahre der Museumsgeschichte endeten 1934, als die SS die Wewelsburg übernahm, die Ausstellung des Heimatmuseums auslagerte und eine eigene SS-Schausammlung zusammenstellte. Sie umfasste neben archäologischen Funden später auch SS-Beute- und Raubkunst. Durch die Sprengung des Schlosses am Kriegsende wurde die SS-Museumssammlung weitgehend zerstört. Direkt nach dem Krieg begann der stufenweise Wiederaufbau der Wewelsburg. 1950 wurden die Jugendherberge und das Heimatmuseum wiedereröffnet.
Als der Kreis Paderborn die Wewelsburg 1975 im Zuge der Gebietsreform übernahm, wurde die Museumsarbeit professionalisiert und das Heimatmuseum neu konzipiert. Der Kreis Paderborn stellte 1978 mit Herrn Dr. Rau erstmals einen Vollzeit-Museumsleiter ein. Die Umwandlung des Heimatmuseums in ein regionalgeschichtliches Museum ging auf die Idee zurück, mit einem „Historischen Museum des Hochstifts Paderborn“ die Landesgeschichte des früheren Fürstbistums Paderborn bis zur Säkularisation zu dokumentieren. 1996 eröffnete das Historische Museum des Hochstifts Paderborn. Um den veränderten Besucherwahrnehmungen gerecht zu werden, wurde das „Historische Museum des Hochstifts Paderborn“ 2015 neu konzipiert und gestaltet.
Die heutige Museumsleiterin Kirsten John-Stucke (Leiterin seit seit 2011) stellt heraus, dass sich das Kreismuseum in den vergangenen Jahrzehnten zu einem lebendigen Kultur- und Bildungsort entwickelt hat: „Wir bieten zahlreiche Angebote in beiden Museumsabteilungen – von Kindergeburtstagen über Spezial- und Kostümführungen im Historischen Museum des Hochstifts Paderborn bis hin zu Projekt- und Studientagen und Workcamps in der Erinnerungs- und Gedenkstätte. Dazu noch Lesungen, Vorträge und Theaterstücke. So erreichen wir viele unterschiedliche Besuchergruppen. Über 100.000 Besucher besuchen unser Kreismuseum jährlich. Kein Grund, um sich auszuruhen. Wir haben noch viele Ideen für neue Ausstellungen und Projekte, die wir in den nächsten Jahren umsetzen wollen.“